阜阳农业学校管理干部和班主任24小时值班，和学生同吃同住，对学生的学习和生活进行全方位教育管理，全力打造学生舒心、老师安心、家长省心、社会放心的规范和谐平安校园。
学校推行国防教育准军事化管理和精细化、制度化管理，对学生在就餐、课间秩序、两操、宿舍、活动、休息等方面实行规范化全方位、全天候无缝隙管理，培养学生良好的学习生活习惯。
学校还将开展校长小助理活动。每班设一个校长小助理，通过班级竞选产生，任期一年。主要职责是通过校长小助理了解班主任管理班级、任课老师的教育教学以及班级学生的情况。由校长主持每周召开一次会议。